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宏蛋白组分析
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平均10个工作日
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项目介绍

应用场景

       宏蛋白组学是应用蛋白质组学技术对微生物群落进行研究的一项新技术,在特定的时间对微生物群落的所有蛋白质的组成进行大规模的鉴定。宏蛋白组能够提供微生物在生态系统中的功能信息,它有望把微生物群落的遗传和功能多样性联系起来,对于不同环境的宏蛋白组分析可以捕捉新的功能基因和代谢途径、鉴定与特异性胁迫有关的蛋白,蛋白组学联合宏基因组学数据可以更好的揭示环境群落分类多样性、功能多样性和生物过程。

分析方法

       将非标定量技术、高效液相色谱分级技术以及基于质谱的定量蛋白质组 学技术等一系列前沿技术的有机结合,对样本进行定量宏蛋白质组学的研究。为了分析样本中的物种组成信息,我们使用Unipept软件预测肽段对应物种的分类(taxonomy)信息,物种相对丰度值为样本中所有比对到该物种的peptides intensity总和占所有peptides intensity总和的比例。然后使用Krona 软件对物种注释结果进行动态可视化展示。


项目案例

图表展示

图片.png

 物种相对丰度柱状图。 柱状图展示了样本中主要物种的组成比,横坐标代表不同样本,纵坐标表示该样本中物种的相对比例。

图片.png

  物种组成Krona动态展示图。 网页形式的动态展示结果中,圆圈从内到外依次代表不同的分类级别,扇形的大小代表不同物种注释结果的相对比例


样品要求

需要撰写需求文件,提交蛋白序列或蛋白序列号,并提前与工程师沟通联系。

常见问题

    一、如果计算结果与预期不符合怎么办?

    1.科研计算服务是一个探索的过程,其中存在不确定性。服务方对理论计算得到的数据负责, 但不保证理论数据能够与预期结果完全一致。如果需要可以对模型进行适当调整,调整过程中若增加计算或者大规模的重新计算,需增加计算费用,价格另行协商。

    2.模拟计算存在不确定性,我们对计算过程的正确性负责。计算开始之后会消耗软件,机时以及人力成本,所以不支持退款,敬请谅解


    二、模拟计算项目服务范围?

    1.计算完成之后提供所需的计算方法,计算结果数据和图文,以及关于计算结果中疑问的解答;

    2.文章回复意见中模拟计算问题进行适当的解答,若返稿后需要增加计算,需另行收费。


    三、关于模拟计算下单流程是怎么样的呢?

    1.如果是确定计算需求,可以直接在测试狗官网选择相应的项目进行下单,提交订单时需填写具体的计算内容,预期结构,分子结构及相关的参考文献。如果网站上没有对应的项目请选择并在需求中写明具体计算内容。

    2.如果不能确定计算内容,可以直接联系工作人员进行需求沟通。


 
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