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宏转录组（Metatranscriptome）测序是指从在RNA水平上，整体研究特定环境、特定时期的微生物组生命全部基因组转录情况以及转录调控规律的研究手段，以mRNA为研究对象，通过反转录为cDNA，进而构建文库并进行高通量测序。相较于宏基因组，宏转录组能从转录水平上研究复杂微生物群落组成及其变化，揭示微生物在不同环境压力下的适应机制，阐明其生物学意义，探索环境与微生物之间的互作机理。
实验流程：
分析流程：
典型分析结果展示
KEGG代谢通路差异分析图
Unigene表达量差异分析MA图
Unigene表达量差异分析火山图
| 样品类型 | 送样量 | 预处理和保存 |
| 人和大型动物粪便样品 | ≥200 mg | 1) 准备好便盆和粪便容器，洗手，带上手套收集新鲜的粪便样本； 2) 在实验室将装好受试者粪便样本，立即进行分装并标记； 3) 用无菌牙签或粪便取样器截取样品中段里部（粪便表层含有肠粘膜脱落细胞； 外部容易污染，且接触空气后，部分细菌 DNA 开始降解），取约50~100mg （约花生米大小，装入2.0mL离心管不超过1/3体积）到无菌的2.0mL离心管中，每个样本取3-5管备份； 4) 分装好后，立即液氮速冻或直接放入-80℃低温保存，送样时选择干冰运输寄送。 |
| 小型动物（如鼠）颗粒粪便 | ≥200 mg | 动物颗粒粪便样品，动物排便后立即装入2.0mL离心管中（小鼠粪便3粒每管），放入-80℃低温保存，送样时选择干冰运输寄送 |
| 肠道内容物 | ≥200 mg | 1)用无菌解剖刀，在无菌状态下取出整个肠道，切取所需肠段的内容物（条件允许的话，可在无菌操作台进行）； 2)用无菌手术刀挖取内容物，装入无菌2.0mL离心管中，每管取约50~100mg （约花生米大小，装入2.0mL离心管不超过1/3体积）到无菌的2.0mL离心管中，每个样本取3-5管备份； 3) 分装好后，立即放入 -80℃低温保存，送样时选择干冰运输寄送。 |
| 肠道组织 | ≥200 mg | 1) 组织样本用无菌磷酸盐缓冲液轻轻清洗，直到没有内容物流出； 2)用无菌的显微镜玻片刮取附着在表面的组织细菌，转移到无菌的2.0离心管中； 3) 立即转入-80℃低温保存，送样时选择干冰运输寄送。 |
| 土壤 | ≥1 g | 1) 根据研究目的确定采样范围，取样器具要事先消毒灭菌处理，开始采样； 2)去除表面浮土，使用乙醇火烧的铲子挖取地下5~20cm的土层； 3)去除可见杂质后，土壤过2mm筛网，建议每个样品从3个及以上采样点采集并混合而成，把土样装入无菌2.0mL离心管中，每管取约200mg （约花生米大小，装入2.0mL离心管不超过1/3体积）到无菌的2.0mL离心管中，每个样本取5管以上备份； 4) 分装好后，立即转入-80℃低温保存，送样时选择干冰运输寄送。 |
| 水体 | ≥5 L | 1)根据研究目的确定采样深度和范围； 2)采集好的水样需要通过滤膜进行过滤，可以根据水样的浑浊程度选择相应孔径的滤膜； 3) 将滤膜转移到2.0mL离心管中，立即转移至-80℃低温保存，送样时选择干冰运输寄送。 |
宏转录组测序（Metatranscriptome sequencing）是一种研究特定环境或特定时期下微生物组转录组的高通量测序技术。在实际应用中，研究者可能会遇到一些常见的疑问和问题，以下是一些可能的疑问及其解答
1.宏转录组测序与宏基因组测序有何区别？
宏基因组测序关注的是微生物组中的基因序列和结构，而宏转录组测序则关注基因的表达水平，即哪些基因在特定环境下被转录成mRNA。宏转录组测序能够直接反映微生物群落在特定环境下的基因活动状态。
2.宏转录组测序的样品如何准备和处理？
宏转录组测序的样品准备和处理与宏基因组测序相似，但需要注意RNA的稳定性和完整性。通常需要从环境样品中提取总RNA，并进行反转录为cDNA，然后构建文库进行测序。
3.宏转录组测序的数据如何分析和解释？
宏转录组测序数据的分析包括基因表达量的计算、差异表达分析、功能注释和代谢通路分析等。通过与已知的数据库进行比对和注释，可以了解微生物群落在特定环境下的基因表达情况和功能特征。
4.宏转录组测序的结果如何与其他组学数据整合分析？
宏转录组测序的结果可以与宏基因组测序、宏蛋白质组测序等其他组学数据进行整合分析，从而更全面地了解微生物群落的结构、功能和互作机制。
5.宏转录组测序在哪些领域有应用价值？
宏转录组测序在环境科学、生态学、生物医学等领域有广泛的应用价值。例如，在环境科学中，可以用于研究不同环境条件下的微生物群落结构和功能；在生物医学中，可以用于研究肠道微生物群落与宿主之间的互作关系，探索肠道微生物群落对健康和疾病的影响。
6.宏转录组测序的局限性和挑战是什么？
宏转录组测序的局限性和挑战包括RNA的稳定性较差、提取和纯化难度较大，以及测序数据的复杂性和噪声等。此外，宏转录组测序的结果可能受到样品采集、处理和测序过程中的多种因素的影响，因此需要进行严格的实验设计和质量控制。
