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COG/KOG功能分类
应用场景：
基于 COG/KOG 数据库进行蛋白质功能注释，可以准确地确定 orthologs 和 paralogs，这对于新测序的物种的功能注释具有明显的优势；此外，通过COG/KOG 功能分类，可以预测同源蛋白家族的功能。
分析方法：
使用 EggNOG 数据库对蛋白进行 COG/KOG 注释分析。COG/KOG 数据库按照功能一共可以分为二十六类，基于每种分类的蛋白数目，绘制柱形图。
亚细胞定位功能分类
应用场景：
对蛋白进行亚细胞定位预测分析，获得蛋白在细胞中的定位情况，有助于了解样本蛋白的组织来源情况。例如，体液样本中外泌蛋白比例较高，心肌样本中线粒体蛋白比例较高，绿色叶片样本中叶绿体蛋白含量较高。
分析方法：
使用 WoLFPSORT 软件（真核生物）/CELLO 软件（原核生物）对蛋白进行亚细胞定位预测分析。基于每种分类的蛋白数目，绘制饼图。
Gene Ontology功能分类
应用场景：
对蛋白进行功能分类，可以对蛋白所调节的功能有直观的认识，从而了解生物功能可能发生的变化。
分析方法：
基于 Gene Ontology 的功能注释结果，从 Biological Process、Cellular Component 及 Molecular Function 三个方面对 Level 2 的 Term 进行统计。基于每种分类的蛋白数目，绘制条形图。
图表展示：
注：蛋白 COG/KOG 功能分类柱形图。 横轴为 COG/KOG 一级分类编号；纵轴为蛋白数目。图例对每种一级分类编号给出了详细功能描述。
图表展示：
注：蛋白亚细胞结构定位分布饼图。图中展示了不同亚细胞结构种类中蛋白的数目。
图表展示：
注：蛋白 GO 二级功能分类条形图。 横轴为蛋白在分类中的数目，纵轴表示 GO 的一级分类（Biological process/Cellular component/Molecular function）中的二级功能分类。图中用不同颜色表示了 GO 的一级分类。
需要撰写需求文件，提交蛋白序列或蛋白序列号，并提前与工程师沟通联系。
结构物质：蛋白质是构成生物体组织、器官的基本成分，起着支撑和保护的作用。例如，细胞膜的主要成分是磷脂和蛋白质，染色体主要由DNA和蛋白质组成，人和动物的肌肉也主要是由蛋白质构成。
催化作用：许多蛋白质具有酶活性，能够催化生物体内的各种化学反应。如促进蛋白质水解为多肽的蛋白酶，催化多肽水解为氨基酸的肽酶，以及基因工程中使用的限制性内切酶和DNA连接酶等。
运输作用：有些蛋白质具有转运物质的功能。例如，红细胞中的血红蛋白负责运输氧气，参与细胞主动运输的载体蛋白等。
调节作用：蛋白质在生物体的代谢调节、生长发育、免疫应答等方面起着重要的调节作用。如垂体分泌的生长激素、调节血糖含量的胰岛素和胰高血糖素、维持水分平衡的抗利尿激素等。
免疫作用：蛋白质在免疫系统中也发挥着重要作用，如由效应B细胞产生的抗体和由效应T细胞产生的淋巴因子，它们能增强淋巴细胞的免疫功能。
蛋白质功能的分类主要包括以下几个方面：
此外，蛋白质还可以根据其在生物体内的具体作用进行更细的分类，如作为信号分子和信号转导器、转运专一的分子与物质、起运动和动力作用、具有防卫和保护功能以及作为养分的储库等。
