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应用场景
大规模的蛋白质组学实验可以在一次实验中鉴定出数千种蛋白质翻译后修饰位点，了解引起这些修饰的潜在生物学过程是蛋白质组学的重要研究方面，例如了解酶对其底物的偏好性可以帮助阐明它们涉及的生物途径。由于酶对给定底物的部分生化偏好可能是由修饰位点周围的残基决定的，因此生物化学家将研究重点放在确定引起特定酶 - 底物相互作用的关键相邻残基上，这种蛋白或多肽序列形成的特定残基模式称为基序（Motif）。
分析方法
使用 Motif-x 或 iceLogo 分析方法预测修饰位点的潜在基序（Motif）特征。将鉴定到的修饰位点上下游各 10 个（磷酸化修饰为上下游各 6 个）氨基酸组成的肽段序列作为分析对象，背景为物种中所有潜在发生修饰位点上下游各 10 个（磷酸化修饰为上下游各 6 个）氨基酸组成的肽段序列，从翻译后修饰位点周围提取具有统计学意义的生物学基序 。
图表展示
注：Motif 特征 logo 图。 当某个特性序列形式的肽段数量大于 20，且统计学检验 p 值小于 0.000001 时，认为该特征序列形式为修饰肽段的一种基序。通过氨基酸缩写字母在特定位置的高度比例体现 Motif 特征。
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注：修饰位点附近氨基酸出现频率富集热图。 通过富集检验方法计算出每个氨基酸在特定位置出现频率显著性 p value，然后对 p value 做 log 转换和 Z-score 变换后绘制热图。图中不同颜色展现了各氨基酸在指定位置出现频率变化情况来体现 Motif特征。红色表示出现频率高、绿色表示出现频率低。
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注：修饰位点 Motif 特征 iceLogo 图形展示。 图中为某物种泛素化修饰在不同分组的序列基序图，纵轴为同一位点不同氨基酸在实验数据集中与参考背景中比例的差值，即 percentage difference（%difference）。氨基酸缩写字母在特定位置的高度比例体现 Motif 特征，%difference 大于 0 表示该氨基酸在该位置出现的频率较背景高，小于 0 表示该氨基酸在该位置出现的频率较背景低。
需要撰写需求文件，提交蛋白序列或蛋白序列号，并提前与工程师沟通联系。
参考文献
Chou, M. F. , & Schwartz, D. . (2011). Biological sequence motif discovery using motif-x. Current Protocols in Bioinformatics, 35(1).
Colaert, N. , Helsens, K. , Martens, L. , Vandekerckhove, J. , & Gevaert, K. . (2009). Improved visualization of protein consensus sequences by icelogo. Nature Methods, 6(11), 786-787.
