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免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗原抗体之间的专一性作用为基础用于确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。当细胞在非变形条件下被裂解时，完整细胞内存在许多蛋白质-蛋白质间的相互作用被保留了下来。如果用预先固化在agarose beads上的蛋白质A的抗体免疫沉淀A蛋白，那么与A蛋白在体内结合的蛋白质B也能一起沉淀下来，再通过蛋白质变性分离，对B蛋白进行检测，以证实两者存在相互作用。这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合，也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。
1. IP级别的抗体；需要研究的蛋白互作信息（蛋白名称、大小、种属等）
2．实验样本：组织样品>200mg，细胞样品>2 x 107 ，蛋白样品大于2ml。
免疫共沉淀（Co-IP）实验中可能会遇到多种常见问题，以下是一些常见的问题及其可能的原因和解决方案：
1、高背景：
可能原因：非特异性蛋白结合、转移膜上的非特异性吸附等。
解决方案：在无血清培养液中裂解细胞以减少非特异性蛋白结合；注意实验操作，戴手套、用镊子夹取、不接触转移膜转移面等以避免非特异性吸附。
2、实验失败：
可能原因：样品被蛋白酶降解、抗体浓度太低或亲和力低、IP抗体未与agarose珠子结合等。
解决方案：在裂解样品中加入蛋白酶抑制剂，注意冰上操作，避免反复冻融；调整抗体浓度，必要时设立浓度梯度，摸索最佳浓度；选用合适的agarose珠子，正确保存防止变质或干燥。
3、抗体选择：
选择特异性好的抗体，可以考虑使用单抗。
4、未检测到互作蛋白或信号太弱：
可能原因：裂解液中去垢剂浓度过高或配方太强烈、蛋白和蛋白之间的相互作用太弱或不稳定等。
解决方案：优化裂解液配方，降低去垢剂浓度；尝试使用不同的细胞或组织裂解条件；确保样品新鲜，并加入蛋白酶/磷酸酶抑制剂。
5、Co-IP验证结果与其他验证方式不一致：
可能原因：Co-IP中存在中间蛋白参与互作，而其他验证方式无法检测到这种互作。
解决方案：综合考虑多种验证方式的结果，结合其他实验数据进行分析。
6、选择合适的Input对照和同型对照：
使用实验使用的细胞裂解液作为Input对照，同型对照可以选择与实验抗体相同种属但特异性不同的抗体。
7、互作验证一定要使用Western Blot吗？
可见蛋白只能判断蛋白大小，不能确定是否为目的蛋白，因此通常需要Western Blot进行确认。
8、Input的带型不够亮：
解决方案：可以尝试瞬转过表达处理。
9、抗体浓度和加样量：
通常需要进行优化，摸索最佳抗体浓度和加样量。
10、避免假阳性：
选择特异性抗体是关键，特异性抗体可以排除非特异性结合进而排除假阳性。
