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棕榈酰化修饰
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项目介绍

棕榈酰化修饰(palmitoylation或S-palmitoylation或S-acylation)根据其连接方式可以分为S-棕榈酰化、N-棕榈酰化和O-棕榈酰化。其中,S-棕榈酰化是指含有16个碳原子的饱和棕榈酸和蛋白的半胱氨酸残基的S端结合,形成不稳定的硫酯键,这种棕榈酰化具有可逆性,可在时间和空间上调节蛋白质的功能,因此棕榈酰化修饰通常是指S-棕榈酰化。在所有脂质化修饰中,棕榈酰化修饰作用最普遍,影响约20%的蛋白质组。


项目案例

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前列腺癌来源的细胞外囊泡富含棕榈酰化蛋白(Mariscal et al.,2020)

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在拟南芥中的棕榈酰化修饰,促进并定义蛋白质的膜定位(Piers et al.,2016)


样品要求
样品类型送样量预处理和保存
常规动物组织(脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉、皮肤等)≥30 mgPBS洗涤去除残留血液和污染物,迅速剥去脂肪和筋皮等结缔组织,冲洗干净。用组织剪或手术刀将组织分离成1cm3左右的小块。液氮速冻,保存在-80°C,干冰运输
软体动物(血吸虫、旋毛虫等)≥200 mgPBS洗涤去除来自宿主的污染。液氮速冻,保存在-80°C,干冰运输
动物软骨组织≥100 mgPBS洗涤,用手术刀将软骨切成1cm3左右的小块。液氮速冻,保存在-80°C,干冰运输
动物毛发≥50 mg用适量2%SDS,50mM 磷酸钠(pH7.8)缓冲液漂洗样品,去除污染物,干燥,保存在-80°C,干冰运输
柔软组织(木本植物的叶、花等,草本科植物,藻类,蕨类植物,大型真菌等)≥50 mg收集样品,液氮速冻(如果样品表面有泥土或明显污染物,则液氮速冻前用PBS清洗,吸水纸吸去表面液体),保存在-80°C,干冰运输
木本科植物的树根、树皮、树枝等≥2 g收集样品,液氮速冻(如果样品表面有泥土或明显污染物,则液氮速冻前用PBS清洗,吸水纸吸去表面液体),保存在-80°C,干冰运输
果实、种子≥200 mg收集样品,液氮速冻(如果样品表面有泥土或明显污染物,则液氮速冻前用PBS清洗,吸水纸吸去表面液体),保存在-80°C,干冰运输
果肉≥2 g去皮切成1cm3左右小块,液氮速冻,保存于-80°C,干冰运输
花粉≥10 mg植物开花期收集花粉,解剖显微镜下检查花粉,用解剖针去除花药碎片等杂质,转入EP管中,光学显微镜下检查花粉的形态和纯度。保存于-80°C,干冰运输
细菌菌类≥20 mg3000g-5000g离心5-15min,去上清,PBS洗涤沉淀三次,液氮速冻,菌体-80°C保存,干冰运输
真菌菌体≥2 gPBS清洗,吸水纸吸去表面液体,液氮速冻,保存于-80°C,干冰运输
悬浮培养细胞≥1*1071)400g-1000g离心10分钟收获细胞,弃上清。
2)用预冷的PBS小心洗涤片状沉淀物2次,置于冰上,去上清。
3)液氮速冻,-80°C保存,干冰运输
贴壁培养细胞≥1*1071)弃掉培养液,并将培养皿倒置于吸水纸上吸干培养液
2) 加入4°C预冷的PBS,平放轻轻摇动1分钟洗涤细胞,然后弃去PBS。 重复以上操作两次以洗去培养液。
3)将培养皿置于冰上。向培养皿内加入4°C预冷的PBS。用干净的细胞刮棒将细胞刮于培养皿的一侧(动作要快),冰上斜置培养皿,使得缓冲液流向一侧。移液管吸取溶解产物至预冷的离心管内。离心去上清。
4)液氮速冻,-80°C保存,干冰运输
血清≥50 μL收集好的全血室温静置两小时,3000g离心10min,取上清,液氮速冻,-80°C保存,干冰运输
血浆≥50 μL收集好的全血加入抗凝剂,室温静止30分钟,1300g-2000g离心10min,取上清,液氮速冻,-80°C保存,干冰运输
动物乳汁或人乳汁≥1mL收集母乳,-80°C保存,干冰运输。若要去除样品中的高丰度酪蛋白,需要超速离心除去。
乳脂肪球膜蛋白(MFGM),即脂质层≥50 μL收集母乳,4度高速离心15min,取脂质层,用预冷的5倍体积的PBS洗涤3次,纯水洗涤一次,-80°C保存,干冰运输
脑脊液、关节液、淋巴液、附睾腔液≥20 μL1000g-2000g离心5min,(或使用0.22µm滤膜过滤),取上清,-80°C保存,干冰运输
唾液≥50 μL禁食两小时以上,9-12am取样,1000g-2000g离心5min,(或使用0.22um滤膜过滤),取上清,-80°C保存,干冰运输
泪液≥100 μL收集样品(可利用capillary micropipette或Schirmer strip),8000-14000g 4度 离心5min,取上清, -80°C保存,干冰运输
尿液≥5 mL5000×g  4°C 离心30-60min,取上清, -80°C保存,干冰运输
分泌蛋白-细胞分泌液≥2 mL10000g-20000g离心30-60min,(或使用0.22um滤膜过滤),取上清,-80°C保存,干冰运输
分泌蛋白-脑组织分泌液≥2 mL10000g-20000g离心30-60min,(或使用0.22um滤膜过滤),取上清,-80°C保存,干冰运输
分泌蛋白-间质液≥50 μL样品收集,-80°C保存,干冰运输
外泌体-血清≥2 mL收集好的全血室温静置两小时,3000g离心10min,取上清,液氮速冻,-80°C保存,干冰运输
外泌体-血清≥2 mL收集好的全血加入抗凝剂,室温静止30分钟,1300g-2000g离心10min,取上清,液氮速冻,-80°C保存,干冰运输
外泌体-尿液≥30 mL5000×g  4°C 离心30-60min,取上清, -80°C保存,干冰运输
IP样品≥20 μg样品洗脱时,建议采取酸性洗脱模式,wash buffer中不建议含有去垢剂(SDS,NP-40,Triton-X100),若需要使用去垢剂作为洗脱溶液,则需要采用SDS-PAGE对样本进行预处理,送样前,迅速液氮中速冻,并保存于-80°C中,干冰运输


常见问题

    1. Neuronal ceroid lipofuscinosis with DNAJC5/CSPα mutation has PPT1 pathology and exhibits aberrant protein palmitoylation. (IF=18.174, Q1, Acta Neuropathologica) DNAJC5 /CSPα

    突变的神经元蜡样脂褐质沉积症具有PPT1病理并且表现出异常的蛋白棕榈酰化

    2. CD36 facilitates fatty acid uptake by dynamic palmitoylation-regulated endocytosis (IF=-16.6,Q1,Nature Commun)

    棕榈酰化蛋白组揭示CD36的动态棕榈酰化调节脂肪酸的内吞作用

    3. Comprehensive palmitoyl-proteomic analysis identifies distinct protein signatures for large and small cancer-derived extracellular vesicles. (IF=14.976, Q1, J Extracell Vesicles) 

    棕榈酰化蛋白组综合解析大小不同的癌症来源的细胞外囊泡的独特蛋白质特征

    4. ZDHHC18 negatively regulates cGAS-mediated innate immunity through palmitoylation(IF=13.783,Q1,EMBO J)

    棕榈酰化蛋白组揭示cGAS棕榈酰化负调控其酶活性以及先天免疫反应


 
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