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Small RNA（sRNA）是一类长度在20～30个核苷酸左右的非编码RNA分子，几乎存在于所有的生物体中，是一类重要的调控分子。它们在细胞内的功能多种多样，参与了基因表达调控、基因沉默、免疫应答等重要生物过程。
Small RNA主要包括以下几类：
MicroRNA（miRNA）：是一类内源性的、长度约为20～24个核苷酸的非编码单链RNA分子。它们通过与mRNA的3'UTR区域结合，导致mRNA的降解或翻译抑制，从而调控基因的表达。
Small Interfering RNA（siRNA）：是一类长度为20～25个核苷酸的双链RNA分子。它们主要通过与靶mRNA的互补配对，导致mRNA的降解，从而实现对特定基因的沉默。
Piwi-Interacting RNA（piRNA）：是一类长度约为26～31个核苷酸的单链RNA分子。它们主要与Piwi蛋白结合，形成piRNA-Piwi复合物，通过切割靶mRNA或抑制其翻译，参与转座子的沉默和基因组的稳定性维持。
此外，还有其他类型的Small RNA，如snoRNA、rasiRNA等。这些不同类型的Small RNA在生物体内发挥着各自独特的作用，共同维持着生物体的正常生理功能。
Small RNA测序技术是一种高通量的测序方法，可以针对样本中的Small RNA进行全面分析，包括已知和未知的sRNA。通过Small RNA测序，不仅可以鉴定已知的sRNA，还可以预测新的sRNA，并进一步研究它们的靶基因和调控机制。这为Small RNA的功能研究和调控机制探索提供了有力的工具。
实验流程：
分析流程：
典型结果呈现
原始数据碱基识别错误的概率分布图
Mapped Reads 在参考基因组上的位置及覆盖深度分布图
样品间公共及特有序列种类维恩图
样品间公共及特有序列数量维恩图
miRNA 各位点碱基分布图
TPM 密度分布图
差异表达 miRNA 靶基因 GO 注释分类统计图
差异表达 miRNA 靶基因 topGO 有向无环图
差异表达 miRNA 基因 KEGG 分类图
| 样品类型 | 送样量 | 预处理和保存 |
| 动物组织 | ≥500 mg | 1) 无酶冻存管，液氮中预冷； 2) 活体上迅速取下组织（切成黄豆粒大小的块状）； 3) RNase-free水配制1×PBS或生理盐水快速清洗组织表面的污渍，吸干表面液体后收集进冻存管（管的下部分保持在液氮中）； 4) 液氮速冻（≥1h）后，转移至-80 ℃保存，避免反复冻融； 5) 从液氮中取出准备好的样品，请立即放入干冰中，并用干冰掩埋好样品。 |
| 植物表面组织、植物根部,茎，叶子 | ≥2 g | 1) 无酶冻存管，液氮中预冷； 2) 尽量选取新鲜、幼嫩、生长旺盛的组织部位，若为体积偏大的样本（如果实），尽量切成小块； 3) RNase-free水配制1×PBS或生理盐水快速清洗组织表面的附着物，吸干表面液体后收集进冻存管（管的下部分保持在液氮中）； 4) 液氮速冻（≥1h）后，转移至-80 ℃保存，避免反复冻融； 5) 从液氮中取出准备好的样品，请立即放入干冰中，并用干冰掩埋好样品。 |
| 植物嫩叶片、嫩芽 | ≥500 mg | 1) 无酶冻存管，液氮中预冷； 2) 尽量选取新鲜、幼嫩、生长旺盛的组织部位，若为体积偏大的样本（如果实），尽量切成小块； 3) RNase-free水配制1×PBS或生理盐水快速清洗组织表面的附着物，吸干表面液体后收集进冻存管（管的下部分保持在液氮中）； 4) 液氮速冻（≥1h）后，转移至-80 ℃保存，避免反复冻融； 5) 从液氮中取出准备好的样品，请立即放入干冰中，并用干冰掩埋好样品。 |
| 培养细胞 | ≥1*10^7 | 1) 取生长状态良好细胞，确定细胞数量； 2) 贴壁细胞：用1×PBS缓冲液洗涤细胞 1-2 次； 悬浮细胞：离心，吸除细胞培养液，1×PBS洗涤，离心弃PBS，洗1-2次； 3) 加入适量Trizol裂解液反复吹打至裂解充分； 4) 转移至无酶离心管中，-80 ℃保存； 5) 从液氮中取出准备好的样品，请立即放入干冰中，并用干冰掩埋好样品。 |
| 血液样品 | ≥250 μL | 1) 使用抗凝采血管采集全血； 2) 轻轻倒转采血管混合4-5次，使抗凝剂与血液混匀； 3) 快速转移至单独的冻存管中，按照250μl/管分装，加750μl Trizol LS混匀； 4) 液氮速冻（≥1h）后，转移至-80 ℃保存； 5) 从液氮中取出准备好的样品，请立即放入干冰中，并用干冰掩埋好样品。 |
| 真菌菌丝体 | ≥600 mg | 1) 将真菌称重（每管200mg），分装多管，请提供不少于3管的菌丝体； 2) 将称重分装后的真菌置于液氮中冷冻≥1h； 3) 转移至-80 ℃保存； 4) 从液氮中取出准备好的样品，请立即放入干冰中，并用干冰掩埋好样品。 |
| RNA样本 | 1.总量≥2 μg，浓度≥50 ng/μL， 2. OD260/OD280在1.8-2.2之间，RNA无降解，28/23S（真核/原核）和18/16S（真核/原核）核糖体RNA条带非常亮且清晰，Aglient 2100检测仪分析RNA完整性数据RIN≥8 | 1） total RNA可以保存在焦碳酸二乙酯DEPC处理过的水中、75%的乙醇、异丙醇中，具体以什么方式保存请注明； 2）无蛋白质、基因组DNA污染，如有污染请去蛋白并进行DNase I处理； 3）避免反复冻融，应对total RNA小量分装； 4） 样品请立即放入干冰中，并用干冰掩埋好样品。 |
1.为什么选择Small RNA测序？
Small RNA测序能够全面、快速地获取特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有small RNA的信息。这些信息对于理解small RNA的功能、调控机制以及它们与疾病的关系具有重要意义。
2.Small RNA测序的样品准备有哪些注意事项？
样品准备是Small RNA测序的关键步骤。在样品采集、处理和保存过程中，需要避免RNA的降解和污染。此外，small RNA的提取和纯化也需要使用专门的试剂和方法，以确保获得高质量的small RNA样品。
3.Small RNA测序的数据如何分析？
Small RNA测序的数据分析包括序列质量控制、序列比对、small RNA识别、注释和功能分析等步骤。通过比对已知的small RNA数据库和参考基因组，可以鉴定已知的small RNA和预测新的small RNA。进一步的功能分析可以揭示small RNA的靶基因和调控机制。
4.Small RNA测序的结果如何解释和应用？
Small RNA测序的结果可以提供关于small RNA的表达谱、种类、丰度以及靶基因等信息。这些信息可以用于研究small RNA在生物学过程中的作用，如基因表达调控、信号转导、代谢途径等。此外，small RNA测序还可以用于疾病诊断和预后评估，以及药物研发和治疗策略的制定。
5.Small RNA测序的局限性是什么？
尽管Small RNA测序具有高通量、高灵敏度等优点，但也存在一些局限性。例如，small RNA的序列短，容易受到测序误差和噪声的影响；同时，small RNA的功能和调控机制尚不完全清楚，需要进一步的研究和探索。
