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PRM靶向蛋白组学
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PRM（平行反应监视，parallel reaction monitoring）是一种基于高分辨、高精度质谱的离子监视技术，是对传统质谱定量技术SRM/MRM的升级版，该技术能够对目标蛋白质、目标肽段（如发生翻译后修饰的肽段）进行选择性检测，从而实现对目标蛋白质/肽段进行绝对定量。PRM技术基于高分辨、高精度质谱（如Orbitrap系列），首先利用四级杆质量分析器的选择检测能力，在一级质谱中（Q1）选择性地检测目标肽段的母离子信息；随后在collision cell中对母离子进行碎裂；最后利用高分辨、高质量精度分析器在二级质谱中检测所选择的母离子窗口内的所有碎片的信息。这样即可对复杂样本中的目标蛋白质/肽段进行准确地特异性分析。
技术特点：
相比于传统的SRM/MRM技术，PRM技术将采集二级信息所用的四级杆质量分析器替换为更高分辨、更高质量精度的分析器，实现了从目标离子对检测到全部目标离子碎片检测的转化。因此，PRM技术不仅具有SRM/MRM的靶向定量分析能力，还同时具备了定性能力。
其在定量分析中的优势还体现在：
（1）质量精度达到ppm级，能够比SRM/MRM更好地排除背景干扰和假阳性，有效提高复杂背景下的检测限和灵敏度；
（2）对子离子进行全扫描，无需选择离子对和优化碎裂能量，更容易进行方法学建立；
（3）更宽的线性范围：增加至5-6个数量级。
PRM应用范围：
1、可以对iTRAQ/TMT标记定量差异蛋白进行验证；
2、可以对LFQ非标定量差异蛋白进行验证；
3、可以对肽段和蛋白质进行绝对定量分析；
4、可以对已经建立或寻找到的Biomarker蛋白进行定量分析；
5、可以特异性地对蛋白的修饰位点（磷酸化、乙酰化等）进行定量分析；
6、可以特异性地某通路蛋白进行定量分析
与Western Blotting比较：
应用方向：
差异蛋白验证
目标蛋白质/肽段定量分析
生物标志物靶向检测
蛋白修饰位点靶向检测
生物通路特异蛋白靶向检测
| 样品类型 | 送样量 | 预处理和保存 |
| 常规动物组织（脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉、皮肤等） | ≥30 mg | PBS洗涤去除残留血液和污染物，迅速剥去脂肪和筋皮等结缔组织，冲洗干净。用组织剪或手术刀将组织分离成1cm3左右的小块。液氮速冻，保存在-80°C，干冰运输 |
| 软体动物（血吸虫、旋毛虫等） | ≥200 mg | PBS洗涤去除来自宿主的污染。液氮速冻，保存在-80°C，干冰运输 |
| 动物软骨组织 | ≥100 mg | PBS洗涤，用手术刀将软骨切成1cm3左右的小块。液氮速冻，保存在-80°C，干冰运输 |
| 动物毛发 | ≥50 mg | 用适量2%SDS，50mM 磷酸钠（pH7.8）缓冲液漂洗样品，去除污染物，干燥，保存在-80°C，干冰运输 |
| 柔软组织（木本植物的叶、花等，草本科植物，藻类，蕨类植物，大型真菌等） | ≥50 mg | 收集样品，液氮速冻（如果样品表面有泥土或明显污染物，则液氮速冻前用PBS清洗，吸水纸吸去表面液体），保存在-80°C，干冰运输 |
| 木本科植物的树根、树皮、树枝等 | ≥2 g | 收集样品，液氮速冻（如果样品表面有泥土或明显污染物，则液氮速冻前用PBS清洗，吸水纸吸去表面液体），保存在-80°C，干冰运输 |
| 果实、种子 | ≥200 mg | 收集样品，液氮速冻（如果样品表面有泥土或明显污染物，则液氮速冻前用PBS清洗，吸水纸吸去表面液体），保存在-80°C，干冰运输 |
| 果肉 | ≥2 g | 去皮切成1cm3左右小块，液氮速冻，保存在-80°C，干冰运输 |
| 花粉 | ≥10 mg | 植物开花期收集花粉，解剖显微镜下检查花粉，用解剖针去除花药碎片等杂质，转入EP管中，光学显微镜下检查花粉的形态和纯度。保存在-80°C，干冰运输 |
| 细菌菌类 | ≥20 mg | 3000g-5000g离心5-15min，去上清，PBS洗涤沉淀三次，液氮速冻，菌体保存在-80°C，干冰运输 |
| 真菌菌体 | ≥2 g | PBS清洗，吸水纸吸去表面液体，液氮速冻，保存在-80°C，干冰运输 |
| 悬浮培养细胞 | 1*10^7 | 1)400g-1000g离心10分钟收获细胞，弃上清。 2)用预冷的PBS小心洗涤片状沉淀物2次，置于冰上，去上清。 3)液氮速冻，保存在-80°C，干冰运输。 |
| 贴壁培养细胞 | 1*10^7 | 1)弃掉培养液，并将培养皿倒置于吸水纸上吸干培养液 2) 加入4°C预冷的PBS，平放轻轻摇动1分钟洗涤细胞，然后弃去PBS。 重复以上操作两次以洗去培养液。 3)将培养皿置于冰上。向培养皿内加入4°C预冷的PBS。用干净的细胞刮棒将细胞刮于培养皿的一侧（动作要快），冰上斜置培养皿，使得缓冲液流向一侧。移液管吸取溶解产物至预冷的离心管内。离心去上清。 4)液氮速冻，保存在-80°C，干冰运输。 |
| 血清 | ≥50 μL | 收集好的全血室温静置两小时，3000g离心10min，取上清，液氮速冻，保存在-80°C，干冰运输 |
| 血浆 | ≥50 μL | 收集好的全血加入抗凝剂，室温静止30分钟，1300g-2000g离心10min，取上清，液氮速冻，保存在-80°C，干冰运输 |
| 动物乳汁或人乳汁 | ≥1mL | 收集母乳，保存在-80°C，干冰运输。若要去除样品中的高丰度酪蛋白，需要超速离心除去。 |
| 乳脂肪球膜蛋白（MFGM），即脂质层 | ≥50 μL | 收集母乳，4度高速离心15min，取脂质层，用预冷的5倍体积的PBS洗涤3次，纯水洗涤一次，保存在-80°C，干冰运输 |
| 脑脊液、关节液、淋巴液、附睾腔液 | ≥20 μL | 1000g-2000g离心5min，（或使用0.22µm滤膜过滤），取上清，保存在-80°C，干冰运输 |
| 唾液 | ≥50 μL | 禁食两小时以上，9-12am取样，1000g-2000g离心5min，（或使用0.22um滤膜过滤），取上清，保存在-80°C，干冰运输 |
| 泪液 | ≥100µl | 收集样品（可利用capillary micropipette或Schirmer strip），8000-14000g 4度 离心5min，取上清， 保存在-80°C，干冰运输 |
| 尿液 | ≥5 mL | 5000×g 4°C 离心30-60min，取上清， 保存在-80°C，干冰运输 |
| 分泌蛋白-细胞分泌液 | ≥2 mL | 10000g-20000g离心30-60min，（或使用0.22um滤膜过滤），取上清，保存在-80°C，干冰运输 |
| 分泌蛋白-脑组织分泌液 | ≥2 mL | 10000g-20000g离心30-60min，（或使用0.22um滤膜过滤），取上清，保存在-80°C，干冰运输，干冰运输 |
| 分泌蛋白-间质液 | ≥50 μL | 样品收集，保存在-80°C，干冰运输，干冰运输 |
| IP样品 | ≥20 μg | 样品洗脱时，建议采取酸性洗脱模式，wash buffer中不建议含有去垢剂（SDS,NP-40,Triton-X100）,若需要使用去垢剂作为洗脱溶液，则需要采用SDS-PAGE对样本进行预处理，送样前，迅速液氮中速冻，并保存在-80°C，干冰运输中，干冰运输 |
PRM靶向蛋白组学研究的常见疑问有：
PRM技术是什么？
PRM（Parallel Reaction Monitoring）技术是一种基于高分辨率质谱的靶向蛋白质组学定量技术。它通过选择特定的目标肽段，并在碰撞室中将其打碎，然后利用质量分析器生成高分辨的二级质谱图，从而提取出目标肽段的定量信息。PRM技术具有灵敏度高、特异性好、定量范围宽等优点，能够实现蛋白质的精确定量。
PRM技术与“鸟枪法”有什么关系？
PRM技术与“鸟枪法”是两种不同的质谱扫描方式。鸟枪法是一种大规模的扫描方式，旨在尽可能多地检测样品中的蛋白质，通常更容易检测到丰度较高的蛋白质。而PRM技术则是一种针对特定感兴趣蛋白质的扫描方式，其目标是实现目标蛋白质的精准定量。
为什么选择PRM进行目标蛋白定量而不是WB？
虽然WB（Western Blot）也是一种常用的目标蛋白定量方法，但它依赖于抗体的质量，并且其定量结果只能说是半定量的。相比之下，PRM技术不依赖抗体，具有更高的灵敏度和特异性，能够实现真正的蛋白精确定量。此外，PRM技术还具有高通量的优点，一次实验可以同时对多个目标蛋白进行定量，而WB则很难实现这一点。
PRM技术在靶向蛋白组学研究中有哪些应用？
PRM技术在靶向蛋白组学研究中具有广泛的应用。它可以用于研究蛋白质的表达水平、翻译后修饰、蛋白质相互作用等。例如，可以通过PRM技术定量检测某个基因在不同组织或不同条件下的表达水平，或者研究某个蛋白质的翻译后修饰对其功能的影响。此外，PRM技术还可以与其他组学技术相结合，如基因组学、转录组学等，从而更全面地了解生物体的分子机制。
总之，PRM技术是一种基于高分辨率质谱的靶向蛋白质组学定量技术，具有灵敏度高、特异性好、定量范围宽等优点。在靶向蛋白组学研究中，PRM技术可以用于研究蛋白质的表达水平、翻译后修饰、蛋白质相互作用等，为深入了解生物体的分子机制提供有力支持。
