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单细胞ATAC测序
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真核生物染色体是由DNA分子包裹组蛋白形成的核小体结构并通过一系列折叠过程而形成的。大多数基因组中的染色质都紧紧缠绕在细胞核内，一部分呈松散的状态。为染色质开放区。而DNA的复制转录是需要将DNA的紧密结构打开，打开的染色质允许其他调控因子结合的特性。因此认为染色质的可及性与转录调控密切相关。
斯坦福大学的研究人员2013年在Nature Methods首次发表。Greenleaf实验室的Buenrostro等发布了一项整合的、多维的遗传学分析方法，这种方法通过Tn5转座酶将测序的adapters插入到基因组上的“可接近”区域来标记调控的区域。这种转座酶可接近性染色质的研究方法(assay of transposase accessible chromatin, ATAC-seq)可以最少只利用大约500个细胞就可以快速的得到调控的多维信息，比其他方法要节省大约3到5个数量级的细胞。并且由于ATAC-seq的实验流程中没有片段选择的步骤，所以这种方法可以同时获得“开放”染色质的位置、转录因子的结合位点、核小体的调控区域和染色质状态等信息。
染色质可及性(ATAC)—控制转录活性
10X平台ATAC测序实验流程：
典型分析结果：
单细胞核悬浮液
浓度：3000-5000个细胞核/ul
体积：＞50ul
核膜完整性较好
单细胞悬浮液
浓度：500-2000个细胞/ul
细胞总数：＞106
细胞活性：＞90%
1、什么是单细胞ATAC测序？
答：单细胞ATAC测序是一种用于研究单个细胞内染色质可及性的高通量测序技术。它可以揭示单个细胞的染色质开放区域，从而了解基因表达的调控机制。
2、为什么需要进行单细胞ATAC测序？
答：单细胞ATAC测序能够揭示不同细胞类型之间以及单个细胞内部的染色质可及性差异，这对于理解细胞分化、发育过程以及疾病发生机制具有重要意义。
3、单细胞ATAC测序与单细胞RNA测序有何不同？
答：单细胞ATAC测序关注染色质可及性，即哪些DNA区域能够被转录因子等蛋白质结合并影响基因表达；而单细胞RNA测序则直接测量基因表达水平。两者结合使用可以更全面地了解细胞内的基因调控机制。
4、单细胞ATAC测序的样本要求是什么？
答：与单细胞RNA测序类似，单细胞ATAC测序也需要高质量的单细胞样本。细胞应具有良好的活性、形态和数量，以减少实验过程中的技术偏差。
5、单细胞ATAC测序的实验流程是怎样的？
答：单细胞ATAC测序的实验流程通常包括细胞固定、通透化、酶切、转座、文库构建和高通量测序等步骤。通过这些步骤，可以获取单个细胞的染色质可及性信息。
6、单细胞ATAC测序数据如何分析？
答：单细胞ATAC测序数据的分析涉及多个步骤，包括质量控制、单细胞的聚类、染色质可及性区域的识别、差异可及性分析等。需要使用专门的生物信息学工具和软件进行数据处理和分析。
7、单细胞ATAC测序在哪些领域有应用？
答：单细胞ATAC测序在生物学和医学领域具有广泛的应用前景，如发育生物学、免疫学、肿瘤学等。它可以帮助研究人员了解细胞间的异质性以及细胞在不同生理和病理条件下的染色质调控机制。
