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蛋白功能注释
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应用场景
对感兴趣的蛋白进行功能注释，以便于理解这些蛋白的各种生物学意义。功能注释包括：Gene Ontology 功能，KEGG 通路，蛋白结构域，亚细胞定位，Complex ( 复合体 )，COG/KOG 注释。
1) Gene Ontology分析
GO 分析是一种能够将基因与基因产物（如蛋白质）的各项信息有机联系在一起的生物信息学分析方法，包括 Biological Process（生物进程），Cellular Component（细胞组成），Molecular Function（分子功能）。主要来源于 UniProt-GOA 数据库，并使用 InterProScan 预测进行补充注释。
2) KEGG通路注释
KEGG 是系统分析蛋白和化合物在细胞中的代谢途径以及蛋白功能的数据库。使用 KEGG 在线服务工具 KAAS 和 KEGG mapper 获取 KEGG 通路注释的结果。
3) 蛋白结构域注释
蛋白结构域是蛋白质中在序列上具有保守性，且一般情况下可以独立行使功能的特定蛋白区域，与蛋白质完成生理功能有着密切的关系，经常被用于蛋白质分子进化和功能学的研究。我们基于 Pfam、SMART 和 Interpro 等数据库提供蛋白质结构域的功能注释信息。
4) 亚细胞定位
蛋白质只有转运到正确的位置才能参与细胞的各种生命活动，我们对真核生物和原核生物分别使用 wolfpsort 软件和 CELLO 软件预测蛋白质的亚细胞结构定位信息。
5) Complex(复合体)
蛋白复合体是由两个以上功能相关的蛋白通过二硫键或其它蛋白质相互作用所形成的复合物。蛋白复合体种类繁多，很多性质和功能还未研究透彻，是蛋白质组学的重要研究对象。我们基于 CORUM 网站进行蛋白质复合体的注释（仅针对人和小鼠两个物种）。
6) COG/KOG注释
COG，即 Clusters of Orthologous Groups of proteins。构成每个 COG 的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白，并且因此或者是直系同源蛋白（orthologs）或者是旁系同源蛋白（paralogs）。原核生物的一般称为 COG 数据库；真核生物的一般称为 KOG 数据库。基于 COG/KOG 数据库进行蛋白质功能注释，可以准确地确定 orthologs 和 paralogs。
图表展示：
注：Gene Ontology 功能的注释结果表格。 前三列为蛋白信息、后面三列为蛋白在 GO 三大分类中的详细描述。其中格式为“GO：0006364”的字符代表在 GO 数据库中的编号，可以登录 GO 数据库网站“http://geneontology.org”查询详细描述信息。
图表展示：
注 ： KEGG 通路的注释结果表格。 前三列为蛋白信息、后面三列为蛋白在 KEGG 数据库中的信息。其中“KEGG KO No.”为 KEGG 数据库编号；“KEGG Gene”表示蛋白在 KEGG 数据库中的基因层面的描述；“KEGG pathway”表示蛋白可能参与的通路过程描述。其中格式为“map04366”的字符代表通路在 KEGG 数据库中的编号，可以登录 KEGG 数据库“https://www.kegg.jp” 查询详细描述信息。
图表展示：
注： 蛋白结构域注释结果表格。 前三列为蛋白信息、后面两列为蛋白在 InterPro 数据库中的描述。其中“IPR ID”为 InterPro 数据库编号；“Domain description”表示蛋白包含的结构域在InterPro 数据库中功能描述，可以登录 InterPro 数据库“http://www.ebi.ac.uk/interpro” 查询详细描述信息。
图表展示：
注：亚细胞定位的注释结果表格。前三列为蛋白信息、第四列为蛋白潜在的亚细胞结构定位。
图表展示：
注：Complex (复合体)注释的结果表格。前三列为蛋白信息、第四列为蛋白可能参与形成的复合体。
图表展示：
注：COG/KOG 注释结果表格。 前三列为蛋白信息、后面三列为蛋白在 KOG 数据库中的描述。其中“KOG category”为 KOG 的一级分类编号；“KOG NO.”为 KOG 的二级分类编号；“KOGdescription”为二级分类功能描述。
一、如果计算结果与预期不符合怎么办？
1.科研计算服务是一个探索的过程，其中存在不确定性。服务方对理论计算得到的数据负责， 但不保证理论数据能够与预期结果完全一致。如果需要可以对模型进行适当调整，调整过程中若增加计算或者大规模的重新计算，需增加计算费用，价格另行协商。
2.模拟计算存在不确定性，我们对计算过程的正确性负责。计算开始之后会消耗软件，机时以及人力成本，所以不支持退款，敬请谅解
二、模拟计算项目服务范围？
1.计算完成之后提供所需的计算方法，计算结果数据和图文，以及关于计算结果中疑问的解答；
2.文章回复意见中模拟计算问题进行适当的解答，若返稿后需要增加计算，需另行收费。
三、关于模拟计算下单流程是怎么样的呢？
1.如果是确定计算需求，可以直接在测试狗官网选择相应的项目进行下单，提交订单时需填写具体的计算内容，预期结构，分子结构及相关的参考文献。如果网站上没有对应的项目请选择并在需求中写明具体计算内容。
2.如果不能确定计算内容，可以直接联系工作人员进行需求沟通
