标准流程主要结果展示

GO注释bar图             GO功能富集气泡图             GO功能富集有向无循环图

KEGG通路富集柱状图          KEGG通路富集气泡图               亚细胞定位

        Venn图                                        火山图                           聚类分析热图（多组）

k值聚类趋势图                     GO功能富集柱状图           KEGG通路富集bar图

       KEGG通路富集蝴蝶图        蛋白功能互作网络（PFIN）分析图

代谢通路整体趋势分析                GSEA分析                      SPIA信号通路富集分析

个性化分析

复杂热图                多组比较数据通路富集气泡图              Circos图

                     Circos图表示蛋白表达热图           桑基图

蛋白质（修饰）组学的生物信息学分析是一个复杂且精细的过程，涉及多个步骤和多种分析工具。在进行此类分析时，研究者可能会遇到一系列常见问题。以下是一些蛋白质（修饰）组学生信分析的常见问题及其要点：

1. 数据质量问题：蛋白质组学数据的质量直接影响分析结果的准确性。常见问题包括信号噪声高、分辨率低、数据缺失等。为了解决这些问题，需要采用合适的数据清洗和预处理策略，确保数据的可靠性和一致性。

2. 蛋白质鉴定与定量准确性：在蛋白质组学分析中，准确鉴定和定量蛋白质是关键。然而，由于蛋白质的复杂性和多样性，可能会出现误鉴定或定量不准确的情况。为了解决这个问题，需要选择适合的数据库和算法，并结合实验验证来确保结果的准确性。

3. 蛋白质修饰的识别与定位：蛋白质修饰是蛋白质组学研究的重要内容之一。然而，修饰位点的准确识别和定位是一个挑战。不同的修饰类型和修饰位点可能导致不同的生物功能。因此，需要使用专门的工具和算法来识别修饰位点，并结合实验验证来确认其准确性。

4. 功能注释与通路分析的局限性：尽管已有大量的数据库和工具可用于蛋白质的功能注释和通路分析，但注释结果并不总是准确或全面。一些新发现的蛋白质或修饰可能尚未被充分研究或注释，这可能导致某些有意义的生物学信息被遗漏。因此，在进行功能注释和通路分析时，需要谨慎评估结果的可靠性，并结合其他实验证据进行验证。

5. 多组学数据整合的挑战：蛋白质组学分析通常需要与其他组学数据（如基因组学、转录组学等）进行整合，以更全面地了解生物过程。然而，不同组学数据之间的整合和分析是一个挑战，需要解决数据格式、分辨率和生物学意义等方面的差异。

6. 生物学解释与验证的复杂性：蛋白质组学分析的结果通常涉及大量的蛋白质和复杂的调控网络，需要进行深入的生物学解释和验证。这要求研究者具备深厚

• 
  RNA合成
• 
  外泌体多组学研究
• 
  中药代谢组学
• 
  食品分析
• 
  蛋白免疫印迹（WB）