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蛋白二级结构预测
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应用场景
二级结构是指多肽链借助于氢键沿一维方向排列成具有周期性的结构的构象，是多肽链局部的空间结构（构象）, 主要有α－螺旋、β－折叠和无规则卷曲（Coil）三种形式。不同蛋白质翻译后修饰发生位置在蛋白二级结构上具有一定差异化选择。例如在某些情况下，蛋白质的磷酸化位点倾向于发生在无规则卷曲区域内；而在其他情况下，则倾向发生在结构良好的区域。该分析结果用于评估修饰蛋白中修饰氨基酸二级结构的偏好性选择。
分析方法
采用 NetSurfP1.0 软件进行二级结构分析，然后 Wilcoxon Rank Sum 检验方法计算显著差异变化 p value。
图表展示
注：蛋白翻译后修饰位点二级结构分布统计图。
横轴表示蛋白质的三种二级结构，纵轴为蛋白特定氨基酸位置上三种二级结构的平均概率。蓝色表示没有发生修饰的赖氨酸，橙色表示发生修饰的赖氨酸。
需要撰写需求文件，提交蛋白序列或蛋白序列号，并提前与工程师沟通联系。
一、如果计算结果与预期不符合怎么办？
1.科研计算服务是一个探索的过程，其中存在不确定性。服务方对理论计算得到的数据负责， 但不保证理论数据能够与预期结果完全一致。如果需要可以对模型进行适当调整，调整过程中若增加计算或者大规模的重新计算，需增加计算费用，价格另行协商。
2.模拟计算存在不确定性，我们对计算过程的正确性负责。计算开始之后会消耗软件，机时以及人力成本，所以不支持退款，敬请谅解
二、模拟计算项目服务范围？
1.计算完成之后提供所需的计算方法，计算结果数据和图文，以及关于计算结果中疑问的解答；
2.文章回复意见中模拟计算问题进行适当的解答，若返稿后需要增加计算，需另行收费。
三、关于模拟计算下单流程是怎么样的呢？
1.如果是确定计算需求，可以直接在测试狗官网选择相应的项目进行下单，提交订单时需填写具体的计算内容，预期结构，分子结构及相关的参考文献。如果网站上没有对应的项目请选择并在需求中写明具体计算内容。
2.如果不能确定计算内容，可以直接联系工作人员进行需求沟通。
